Josh, si eBird permite exportar tus registros podrías ingresarlos a Ecoregistros subiendo un archivo csv o xls tal como lo indica esta página...
http://www.ecoregistros.org/site/publicarplanilla.php
Así no sería necesario cargarlos uno a uno y los tendrías en las dos plataformas.
Esto al menos serviría para tus registros históricos.
Saludos.